مطابق دستورالعمل هر سال یکبار واگن‎ مسافری باید تعمیرات سالیانه شوند. با توجه به سن واگن تعمیرات سنگین، نیمه سنگین و یا سبک انجام می‎شود. شرکت کویر واگن حدود ۴۰ درصد تعمیرات واگن‎ مسافری ایران را برعهده دارد. شرکت کویر واگن جزء مهم‎ترین شرکت‎های فعال در بخش تعمیرات واگن‎ های مسافری کشور می‎باشد.

همچنین شرکت کویر واگن رتبه سه پیمانکاران نگهداری و تعمیرات واگن‌ های مسافری از معاونت ناوگان راه‌آهن جمهوری اسلامی ایران دریافت کرده است.

واگن ‎های مسافری به بخش زیرشاسی و داخلی قابل تقسیم می‎باشند.

در بخش داخلی به واحد برق، تهویه و همچنین تزئینات داخلی تقسیم‎بندی شده است. شرکت کویر واگن در قسمت تزئینات داخلی هیچ فعالیتی ندارد.

مهم‎ترین و اصلی‎ترین مجموعه واگن‎های مسافری در قسمت زیرشاسی بوده که مسئولیت ایمنی مسافر نیز در این قسمت تامین‎ می‎شود.

شرکت کویر واگن در بخش بوژی و چرخ و محور توانایی بالایی دارد. این شرکت تجهیزاتی شامل دستگاه تراش چرخ و محور، دستگاه دمونتاژ کشش سرمحور هیدرولیک و القایی، تجهیزات قسمت MT-UT، قسمت FL و قسمت PT برای کلیه مجموعه‎ها را در اختیار دارد. همچنین در جهت اطمینان از تعمیرات چرخ و محور شرکت کویر واگن همه چرخ و محورهای خود را تست اکو می‎نماید که در طول یک سال مشکلی نداشته باشد.

همچنین نیروهای کارخانه تعمیراتی دوره‎های آموزشی عملی را گذرانده و سال‎ها در کارخانه دارای تجربه کافی نیز می‎باشند.